はい、可能です。MovableType.net サイトサーチでは、1つの検索エンジンに対して複数の検索対象となるサイトを指定できます。
例えば、「aaaaa.co.jp」と「blog.aaaaa.co.jp」のように、異なるドメインやサブドメインを持つ複数のサイトを、単一のサイト内検索機能の検索対象として設定することが可能です。

設定は、サイトサーチの基本設定ページにある「検索対象」項目 で変更することができます。